據新舊《唐書》和《歷城縣志》記載：黃巢于乾符二年（875年）率眾起義，轉戰(zhàn)大江南北，號稱沖天大將軍。中和元年（880年）攻占唐都長安，稱帝，國號大齊。中和二年退出長安，中和四年東進泰山之陰黃草谷一帶安營扎寨。因唐軍追擊，義軍在黃巢村北“交戰(zhàn)嶺”與唐軍決戰(zhàn)，但終因寡不敵眾，激戰(zhàn)中全部壯烈犧牲。無奈之際，黃巢命外甥林言斬其頭降唐，伺機東山再起。林言不忍心，黃巢立即自剔。林言只得割其頭顱，投降唐將尚讓。尚讓卻以“不仁、不義、不忠、不孝”為罪名割了林言的頭，自己去請功去了。

黃巢村原名“黃草谷”，（今黃巢村內“三官廟”碑文可證）從這里仍能找到黃巢起義軍駐扎和作戰(zhàn)的遺跡。如車子峪、菜峪、裁縫峪等地，分別是義軍存放戰(zhàn)車、種菜和制作軍服的地方；飲馬灣、旗桿窩等地，分別是起義軍飲馬和豎大旗的地方；村內三官廟是黃巢屯兵的大本營；“交戰(zhàn)嶺”和“死人溝”是起義軍與唐軍作戰(zhàn)最激烈、傷亡最慘重的地方。“死人溝”原名“虎狼谷”，是黃巢殉難所在地。據傳當時黃巢在村內大財主杜慶江宅院里安的“金鑾殿”。黃巢村還曾經保存過黃巢的一面大旗，舊時每逢大旱，村民們便打出來求雨。可惜這面大旗在“文革”期間失蹤了。黃巢村作為黃巢農民起義遺址，1989年被列為縣級重點文物保護單位。