祁門縣博物館籌建于1986年10月，1988年6月工程竣工并投入使用，屬綜合性歷史博物館。1998年，因工作需要，祁門縣博物館與祁門縣文物管理所合并，一個機構(gòu)兩塊牌子，名稱為“祁門縣博物館”。

祁門縣博物館成立以來，充分發(fā)揮本地優(yōu)勢，通過考古發(fā)掘、調(diào)查征集、民間收購、野外采集等數(shù)十年的努力，具備了一定的文物收藏規(guī)模。到目前為止各類藏品有12000余件（包括契約文書），內(nèi)容涉及徽州契約文書、陶瓷、書畫、書籍、銅器、硯臺、印章、玉器、竹器、木器和近現(xiàn)代文物。其中尤以館藏特色文物——“徽州契約文書”最富特色，它記載和反映了明清至民國時期祁門人民的生產(chǎn)、生活中的各個方面，具有較強的地方歷史文化特色，為研究徽州歷史文化提供了寶貴的文字資料。

在做好館藏文物征集、保管和不可移動文物保護(hù)管理工作的同時，本著“有效保護(hù)、合理利用、加強管理”的原則，積極開展富有地方特色及教育意義的專題展覽活動，成為祁門縣青少年愛國主義教育基地和研究徽州政治、經(jīng)濟(jì)、民俗文化的科研基地。先后成功舉辦了“臺北故宮博物館書畫藏品展”、“祁門地方工業(yè)品展”、“祁門館藏文物暨民間收藏展”、“祁門縣館藏書畫展”、“館藏匾額暨民俗物品展”。受到省內(nèi)外有關(guān)專家及廣大觀眾的一致好評。